Dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsi Politeknik Industri Furnitur dan Pengolahan Kayu Kendal sesuai dengan Peraturan Menteri Perindustrian RI Nomor 16 Tahun 2018 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Industri Furnitur dan Pengolahan Kayu dipimpin oleh Direktur yang dibantu oleh 3 (tiga) orang Pembantu Direktur dan bagian lain yang dapat dijelaskan sebagai berikut:

1. Pembantu Direktur I, mempunyai tugas membantu direktur dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat serta penjaminan mutu.
2. Pembantu Direktur II, mempunyai tugas membantu direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan, administrasi umum, kerumahtanggan, kepegawaiaan dan pengawasan internal.
3. Pembantu Direktur III, mempunyai tugas membantu direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang kemahasiswaan, hubungan alumni dan kerja sama.
4. Senat, mempunyai tugas memberikan pertimbangan pelaksanaan kebijakan akademik.
5. Dewan Penyantun, mempunyai tugas memberikan pertimbangan non akademik.
6. Satuan Penjaminan Mutu, mempunyai tugas dokumentasi, pemeliharaan, pengendalian, dan pengembangan sistem penjaminan mutu pendidikan.
7. Satuan Pengawas Internal, mempunyai tugas melakukan pengawasan non akademik.
8. Subbagian Administrasi Akademik, Kemahasiswaan, dan Kerjasama, mempunyai tugas melakukan urusan administrasi akademik, kemahasiswaan, hubungan alumni, perencanaan, sistem informasi dan kerjasama.
9. Subbagian Umum dan Keuangan, mempunyai tugas melaksanakan urusan ketatausahaan, kerumahtanggaan, barang milik negara, ketatalaksanaan, hubungan masyarakat, kepegwaian dan keuangan.
10. Program Studi, mempunyai tugas melaksanakan pendidikan vokasi tertentu di bidang teknologi industri furnitur dan pengolahan kayu.
11. Unit Penelitian dan Pengabdian Masyarakat, merupakan unit yang mengorganisasikan kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi lainnya yaitu penelitian dan pengabdian masyarakat di lingkungan Politeknik Industri Furnitur dan Pengolahan Kayu Kendal.
12. Unit Inovasi Teknologi dan Diversifikasi Produk (Inkobator Bisnis), mempunyai tugas menyelenggarakan inkubator bisnis untuk wirausaha industri kecil dan menengah.
13. Unit Teaching Factory, mempunyai tugas melaksanakan kegiatan akademik di bidang pembelajaran yang langsung dilaksanakan pada kegaiatan produksi.
14. Unit Penunjang, merupakan unit yang bertugas melakukan kegiatan penunjang dalam kegiatan pendidikan di lingkungan Politeknik Industri Furnitur dan Pengolahan Kayu Kendal.
15. Kelompok Jabatan Fungsional, mempunyai tugas melaksanakan kegiatan fungsional pada bidang ilmu masing-masing sesuai dengan peraturan perundang-undangan.